Comment les microbes protègent de l’allergie

L’augmentation constante des allergies respiratoires et de l’asthme dans les pays industrialisés soulève une énigme : pourquoi certains individus développent-ils des allergies et d’autres non ? Une hypothèse suggère que « l’exposition aux microbes » prévient ce phénomène. Mais le mécanisme en demeurait inconnu.

Des chercheuses et des chercheurs de l’Institut Pasteur et de l’Inserm dirigé.e.s par Gérard Eberl, directeur de l’unité Microenvironnement et immunité, et Lucie Peduto, directrice de l’unité Stroma, inflammation et réparation tissulaire, ont voulu tester directement cette hypothèse. Leur découverte est remarquable : une exposition du poumon à des fragments de microbes induit une mémoire immunitaire durable qui bloque efficacement les réactions allergiques ultérieures, et cela pendant plusieurs mois.

L’expérience clé : une protection de longue durée

Les scientifiques ont exposé le poumon des souris à des fragments de virus ou de bactéries, ce qui déclenche une réponse immunitaire de type 1, celle que l’organisme déploie naturellement contre ces microbes. Lorsque ces souris étaient en même temps confrontées à un allergène, elles en étaient totalement protégées pendant au moins six semaines.

Autre découverte : la préexposition des souris aux fragments de microbes les protégeait de façon durable pendant plus de 3 mois contre les réactions ultérieures. En l’absence de cette protection initiale, les souris développaient une réaction massive caractérisée par une accumulation d’un type de cellules immunitaires (les éosinophiles) dans les poumons. Sans cette protection par des fragments de microbes, une première exposition à l’allergène « programmait » les poumons vers l’hypersensibilité, puis lors d’une réexposition, la réaction allergique s’amplifiait de façon catastrophique.

Les fibroblastes, acteurs inattendus de la mémoire immunitaire

Où cette mémoire protectrice était-elle stockée ? Bien que les cellules immunitaires classiques — lymphocytes B et T — aient longtemps été considérées comme les acteurs principaux de la mémoire immunitaire, l’analyse détaillée des cellules pulmonaires a révélé le rôle clé des fibroblastes.

« L’originalité de nos découvertes réside dans la nature de cette mémoire, qui n’est pas portée par les cellules du système immunitaire, mais par les cellules structurantes du poumon, les fibroblastes », explique Lucie Peduto.

Les fibroblastes sont des cellules presque « ordinaires » : elles forment la structure du poumon, participent à la cicatrisation, soutiennent et dirigent les cellules immunitaires. Que recèlent-elles de particulier ? Une modification épigénétique du gène Ccl11 qui code pour la molécule CCL11, ou éotaxine, responsable du recrutement des éosinophiles, les maîtres de la réaction allergique.

« Chez la souris, nous avons observé que lorsque le poumon déclenche une réponse immunitaire de type 1, induite par des virus ou des bactéries, il bloque durablement le gène Ccl11 dans les fibroblastes. Cette modification épigénétique persiste pendant des mois et protège complètement les poumons contre les réactions allergiques. C’est véritablement une mémoire tissulaire qui persiste bien après la disparition des cellules immunitaires présentes lors de l’infection initiale », explique Amy Blondeau, co-première auteure de l’étude, chercheuse au sein de l’unité Microenvironnement et immunité à l’Institut Pasteur.

Implications pour la prévention des allergies

Cette découverte ouvre plusieurs perspectives cliniques.

• D’une part, elle justifie des interventions prophylactiques. L’administration précoce d’agents stimulant une réponse immunitaire de type 1 (comme OM-85, déjà utilisé en clinique) pourrait prévenir durablement le développement d’allergies. Il s’agirait d’une véritable stratégie de prévention, et non seulement d’un traitement symptomatique.
• D’autre part, l’étude incite à cibler les fibroblastes au lieu de se concentrer uniquement sur le système immunitaire. Des futures thérapies pourraient corriger directement la programmation épigénétique des fibroblastes pour protéger contre les allergènes.

L’équipe continue à explorer les moyens de convertir cette découverte fondamentale en approches thérapeutiques. Pour cela, elle va s’atteler à répondre aux questions encore en suspens. Chez l’enfant, combien de temps une infection pourrait-elle protéger contre les allergies ? Comment optimiser les interventions pour induire cette protection ? Peut-on restaurer cette mémoire protectrice chez des personnes déjà allergiques ?

Référence

Long-term inhibition of protease hypersensitivity by initial immunological cross-regulation and epigenetic memory in lung stromal cells
Jaechan Ryu, Amy Blondeau, Olivier Mirabeau, Selene Di Carlo, Victoire Baillet, David Hardy, Christian Pasquali, Lucie Peduto & Gérard Eberl
Nature Immunology, 2026 | DOI : 10.1038/s41590-026-02439-0