[Master Classes] Graduate School Ingénierie biomédicale

Calendrier
Quand :
11 mai 2023 Jour entier
2023-05-11T00:00:00+02:00
2023-05-12T00:00:00+02:00
[Master Classes] Graduate School Ingénierie biomédicale

La Graduate School Ingénierie biomédicale organise deux master classes, les 11 mai et 12 juin 2023, ouvertes aux doctorantes et doctorants, chercheures et chercheurs, ingénieures et ingénieurs du monde universitaire et de l’industrie.

Ces 2 jours sont axés sur la biologie systémique computationnelle et la science des réseaux en biologie et visent à introduire ces sujets par une formation pratique.

Intervenante

Karine AUDOUZE, professeure de biologie des systèmes et de bio-informatique à l’Université Paris Cité en France. Elle travaille à l’Unité Inserm 1124, où elle a fondé le groupe SysTox (https://systox.u-paris-sciences.fr/) en 2018, qui vise à développer des outils et modèles computationnels avancés avec un focus sur la toxicologie pour avoir une meilleure compréhension de l’effet de l’exposome sur la santé humaine.

Le programme

11 mai 2023 : [Master Classe] Méthodes pratiques en biologie systémique computationnelle

Vous souhaitez combiner les mathématiques, la biologie et la science des données pour relever les défis de la santé humaine ? La master classe en biologie systémique computationnelle, qui est au cœur de la recherche moderne en biologie et en santé (médecine personnalisée, toxicologie…) vous permet d’acquérir les compétences nécessaires pour produire une recherche efficace en bioinformatique et en biologie computationnelle.

Objectifs pédagogiques

  • Découvrir les principales théories et principes de la biologie des systèmes ;
  • Vous familiariser avec les différents outils et méthodes utilisés en biologie systémique pour l’interprétation des données et la formulation d’hypothèses en science biologique ;
  • Acquérir une expérience pratique dans la conception de modèles pour mieux comprendre les problèmes biologiques, les interactions entre les différentes entités des systèmes vivants et l’environnement ;
  • Acquérir des compétences en analyse de données.


Problématiques abordées

  • Théorie et principes de la biologie des systèmes
  • Formation de base aux méthodes et outils
  • Sessions pratiques sur des problèmes biologiques

INTERVENANTE
Karine AUDOUZE, professeure de biologie des systèmes et de bio-informatique à l’Université Paris Cité en France. Elle travaille à l’Unité Inserm 1124, où elle a fondé le groupe SysTox (https://systox.u-paris-sciences.fr/) en 2018, qui vise à développer des outils et modèles computationnels avancés avec un focus sur la toxicologie pour avoir une meilleure compréhension de l’effet de l’exposome sur la santé humaine.

Programme détaillé

9:30

Accueil et café

9:45

Introduction et vue d’ensemble

Présentation de l’objectif et de la structure du cours, des attentes et des antécédents des participants.

10:00

Conférence : Introduction à la biologie des systèmes

Motivation, théories, examen des pratiques

11:00

Pause

11:30

Workshop: Analyse d’enrichissement fonctionnel

Introduction à l’analyse de surreprésentation (ORA) et à l’analyse d’enrichissement des ensembles de gènes (GSEA).

Avec mise en pratique sur des données transcriptomiques.

13:00

Déjeuner libre à votre charge

14:00

Travaux pratiques : Bases de données biologiques

Familiarisation avec les bases de données

15:15

Pause

15:45

Travaux pratiques : Modélisation intégrative

Introduction aux bases de la biologie intégrative des systèmes.

17:00

Fin de la journée
12 juin 2023 : [Master Class] Formules pour la science des réseaux biologiques

Vous souhaitez développer des modèles informatiques pour visualiser et interpréter des données biologiques volumineuses ? Suivez cette master classe en science des réseaux qui se concentre sur l’étude de modèles biologiques interactifs. Vous acquerrez les compétences nécessaires pour développer des réseaux complexes représentés par des nœuds et des connexions entre entités biologiques.

Objectifs pédagogiques

  • Apprendre les principales théories et principes de l’utilisation de la théorie des graphes en biologie ;
  • Vous familiariser avec la science des réseaux ;
  • Acquérir des expériences pratiques dans les statistiques nécessaires pour comprendre les réseaux ;
  • Acquérir des compétences dans la création de modèles basés sur les réseaux qui permettent la visualisation, la prédiction et la conception d’études de flux.

Problématiques abordées

  • Science des réseaux, théorie des graphes et principes ;
  • Formation de base aux méthodes et outils ;
  • Sessions pratiques sur des problèmes biologiques.

Programme détaillé

9:30

Accueil et café

9:45

Introduction et vue d’ensemble

Présentation de l’objectif et de la structure du cours, des attentes et des antécédents des participants.

10:00

Conférence : Introduction à la science des réseaux

Motivation, théories, pratique

11:00

Pause

11:30

Workshop: Topologie et statistiques des réseaux

Introduction à l’outil Cytoscape pour créer, visualiser et analyser les réseaux biologiques.

Avec pratique sur Cytoscape

13:00

Déjeuner libre à votre charge

14:00

Travaux pratiques : Réseau de maladies humaines

Apprenez à extraire des réseaux significatifs d’un grand ensemble de données : pratiquez avec des données d’interactions protéine-protéine humaines (PPI) en utilisant des méthodes d’extraction virtuelles.

15:15

Pause

15:45

Travaux pratiques : Regroupement de réseaux

Trouver des grappes étroitement connectées dans de grands réseaux.

17:00

Fin de la journée

 

Les deux masterclasses sont indépendantes, mais vous pouvez assister aux deux sessions.

L’inscription est obligatoire et le nombre de places est limité à 20.

Liens d’inscription et dates limites :
Première Master class : 9 mai 2023
Deuxième Master class : 8 juin 2023

Coût de la Master Class       

  • 500€ par jour
  • Gratuit pour les doctorants et le personnel d’Université Paris Cité

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